La composition du conseil de l'EG ENGSYS garantie la représentativité de tous les acteurs de la formation doctorale. Ce conseil se réuni au moins 2 fois par an.

Le conseil intervient dans la sélection des candidats à un contrat doctoral d’établissement, dans la politique de l’EG en matière de formation, d’encadrement, de suivi et de financement des doctorants, dans l’évolution du règlement intérieur sur proposition de la direction et avis du comité. Il a un rôle déterminant dans la désignation du directeur de l’EG ENGSYS et des DED.

La composition du Conseil de l'École graduée est fixée par l'article 12 du titre I de l'arrêté du 25 mai 2016. La répartition des sièges tient compte de la politique affichée de mettre en oeuvre une meilleure articulation Master/Doctorat.